事業者側の窓口と受給者側の窓口
二つの窓口
放課後デイサービスや就労継続支援Ｂ型などの障害福祉系のサービスの場合、事業者側から見た場合と利用者側から見た場合の二つの側面があります。
事業者側からの側面
事業者側からの視点とは、事業者が事業を始めるにはまず認可を取らなくてはなりません。そのためには都道府県の担当部署（政令市・中核市はその該当部署で、政令市等といいます）で「指定」という手続きが必要になります。また、児童を対象とするサービス（放課後デイ）と18歳以上を対象とするサービスで指定の窓口が変わることが多いですので、目的により申請対象が変わります。例えば、放課後デイと就労継続支援Ｂ型を同時に開設したい場合（これを多機能事業所といいますが、市町村によって考えが違います。）には両方に申請を行う必要があります。
事業者は事業所を開設してから実際に支援を行い、自立支援給付費を請求する場合、利用者が受給者証を受けた市町村等に自立支援給付費を請求します。請求に関わる窓口はそれぞれの市町村になります。ここでも18歳を境として窓口が変わることが多いです。
利用者側からの側面
利用者は利用を希望する場合支給決定を受ける市町村等の窓口に相談に行きます。ここでも市町村等によって窓口が変わります。また18歳未満が就労継続支援を使う場合には、児童相談所との相談も必要になります。窓口に行っていきなり手続きが進むわけではなく、担当のケースワーカー（福祉職）がどのような支援が必要か確認したうえでの支給決定となります。
自立支援給付費の仕組み
自立支援給付費は支払いは市町村が行いますが、費用は按分されます。まず荒くいって、1割が利用者（上限があり、低所得者の場合0円です。）で残りを国が半分、都道府県が四分の一、残り四分の一を市町村等が負担します。ただし個々の事業所が国や都道府県、市町村にそれぞれ請求することはとても不可能に近いので、窓口は市町村となります。また市町村は国保連（国民健康保険団体連合会。医療費や介護保険もここです。）に請求事務受付を委託し、審査のみを行います。
結果とても分かりづらい構造になっていますが、利用者は市町村の障害担当に行き、窓口を確認するのがよさそうです。
